GPMAW蛋白質(zhì)質(zhì)量分析軟件

時(shí)間：2021-01-05作者：北京天演融智軟件有限公司瀏覽：104

GPMAW程序主要是作為蛋白質(zhì)和多肽質(zhì)譜分析的工具。然而，許多其他生物信息學(xué)工具也已經(jīng)包含在內(nèi)，因此該程序的使用遠(yuǎn)遠(yuǎn)**出了簡(jiǎn)單的質(zhì)量分析。




該程序可以運(yùn)行在Windows 2000(即2000,XP, Vista, Win7)以后的所有32位版本的Windows上。它也可以運(yùn)行在當(dāng)前的64位版本上，但是還沒有在這個(gè)平臺(tái)上進(jìn)行完整的測(cè)試。它也可以在Mac系統(tǒng)的Windows虛擬機(jī)上運(yùn)行，但不能保證完全兼容。




除了ms/ms搜索，該程序不需要強(qiáng)大的處理器或快速硬盤，可以在任何系統(tǒng)上運(yùn)行。運(yùn)行ms/ms搜索您需要一個(gè)SVGA+分辨率的屏幕，或者您可以在上網(wǎng)本上運(yùn)行它。




程序內(nèi)容

GPMAW的文檔在幫助欄中提供，手冊(cè)可以在官網(wǎng)下載。




序列處理:通過在Entrez和本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)(FastA格式和Swiss-Prot)中直接搜索數(shù)據(jù)庫(kù)，從許多不同格式的序列中導(dǎo)入序列。序列可以保存在本地(數(shù)據(jù)庫(kù))中，以備將來參考。從序列窗口可以執(zhí)行大量操作。序列可以以FastA格式導(dǎo)出(單個(gè)序列或同時(shí)導(dǎo)出所有序列)，以便于傳輸?shù)狡渌绦颉?/div>




質(zhì)量分析:蛋白質(zhì)可以通過自動(dòng)方法(如定義酶作用的靈活命名法)或手動(dòng)方法進(jìn)行裂解。多肽顯示與許多參數(shù)(各種質(zhì)量值- mono, ave，電荷- Bull&Breese指數(shù)，HPLC指數(shù)，pI，電荷)，并可以進(jìn)一步工作(如交聯(lián)，新的分裂)。




生物信息學(xué):可顯示多種圖形、疏水性、點(diǎn)圖、二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)?？梢栽诒镜?cái)?shù)據(jù)庫(kù)上執(zhí)行BLAST搜索。使用ClustalW的多重對(duì)齊。CustalW可執(zhí)行文件現(xiàn)在是GPMAw包的一部分，但是在以前的版本中，您必須自己安裝。




序列窗口

序列窗口是GPMAW的**窗口并默認(rèn)顯示一個(gè)序列。從這里，您可以調(diào)用大多數(shù)與序列相關(guān)的函數(shù)（通過菜單、工具欄或彈出菜單）。

 

以上顯示的，可以有多種配置方式：

顯示1個(gè)或3個(gè)字母

平均質(zhì)量/單同位素質(zhì)量

固定殘留物寬度

帶有序列信息的提要欄

顯示二硫化物橋、改性殘留物等




通過**顯示部分序列，您可以輕松獲得給定肽的質(zhì)量。為了便于導(dǎo)航，您可以使用特定顏色的殘留物（提供三種不同顏色和下劃線）。大多數(shù)設(shè)置可以很容易地在系統(tǒng)設(shè)置框中預(yù)先設(shè)置。




序列窗口形成父窗口，從中可以創(chuàng)建大量派生子窗口：

肽窗口

MS/MS窗口

批量搜索、合成搜索

圖表：疏水性、二級(jí)結(jié)構(gòu)、電荷與酸堿度、點(diǎn)圖、α螺旋輪




肽窗口

肽窗口通常通過自動(dòng)摘要命令從序列窗口中調(diào)用。但是，也有其他方法，如手動(dòng)或半自動(dòng)分裂。

 

肽窗口列出了從給定蛋白質(zhì)產(chǎn)生的所有肽以及大量（>20）物理化學(xué)參數(shù)。

充電-單次/多次/負(fù)/正

肽數(shù)

位置

高效液相色譜指數(shù)

理論P(yáng)I

布爾和布雷斯指數(shù)

序列-1/3字母等




肽可以通過部分解理生成（圖中藍(lán)色上標(biāo)表示），改性界點(diǎn)、改性殘?jiān)?，即使是部分修改也得到有限的支持。為便于在序列窗口中引用著色的特定殘留物而被帶到這個(gè)窗口。用戶可以配置顯示的實(shí)際參數(shù)。通過單擊標(biāo)題，可以對(duì)任何列進(jìn)行排序。*二次單擊將反轉(zhuǎn)排序。通過工具欄和/或彈出菜單（鼠標(biāo)右鍵單擊），您可以訪問與消化（如模擬的HPLC反相色譜圖）或當(dāng)前所選肽（MS/MS裂解、肽信息、電荷與ph圖）相關(guān)的其他功能。




自GPMAW 6.20開始，用戶可以修改定義的pka值，并且從6.21開始也可以在常規(guī)質(zhì)量表中定義。

GPMAW如何使用這些pka值？對(duì)于修改，這是相當(dāng)簡(jiǎn)單的，每當(dāng)它被定義在一個(gè)序列中時(shí)，pka值被納入pi和電荷的計(jì)算中（也就是說，當(dāng)殘留物通過相關(guān)的修改進(jìn)行修改時(shí)）。但是，對(duì)于mass文件，您必須特別告訴GPMAW使用用戶定義的表，因?yàn)镚PMAW可以使用四個(gè)不同的表。要在這些表之間切換，請(qǐng)輸入系統(tǒng)設(shè)置，在對(duì)話框的**頁(yè)上，您將找到以下選擇：

 




**和*三個(gè)是從文獻(xiàn)中得出的值（參考在線幫助和手冊(cè)）。*二個(gè)選項(xiàng)基于游離氨基酸殘基的值。*四個(gè)和最后一個(gè)選項(xiàng)基于當(dāng)前選定的mass文件中的定義，必須選中才能使用這些值。




哪里使用這些值呢？

在各自的信息對(duì)話框中計(jì)算蛋白質(zhì)和肽的PI值（從蛋白質(zhì)或肽窗口，選擇“蛋白質(zhì)/肽信息）。如果選擇了列選項(xiàng)，則在肽窗口中計(jì)算PI值。

模擬的2-D凝膠使用PI計(jì)算。

在DigestAlyzer中，可以選擇Pi作為一個(gè)軸選項(xiàng)。

在肽窗口中報(bào)告電荷。

從蛋白質(zhì)和肽窗口中調(diào)用電荷與ph窗口。




當(dāng)前的局限

如果修改了帶電殘留物，則原始pka值仍作為總pi/電荷的一部分進(jìn)行計(jì)算。如果未充電的殘余物變?yōu)閹щ姷臍堄辔锊?pka值，則計(jì)算“正確”。如果一個(gè)界點(diǎn)被修改，它仍然會(huì)產(chǎn)生π/電荷。







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