探索Sequencher軟件的Connections功能

時(shí)間：2023-08-29作者：北京環(huán)中睿馳科技有限公司瀏覽：24

Sequencher Connections代表了一種對(duì)序列或序列組執(zhí)行多重分析的新方法。Connections擴(kuò)展了Sequencher的功能，允許您設(shè)置可以運(yùn)行使用不同參數(shù)或數(shù)據(jù)庫的不同分析的“通道”。通過同時(shí)對(duì)不同通道上的多個(gè)序列或序列組運(yùn)行分析，Sequencher Connections可以提高獲得結(jié)果的速度。




Sequencher Connections現(xiàn)在加靈活且可定制。現(xiàn)有的Connections會(huì)話可以重新打開并添加新的序列。您的Connections會(huì)話可以重定名以反映您的項(xiàng)目。現(xiàn)在有多選項(xiàng)可用于將通道添加到Connections會(huì)話，并且還可以定名每個(gè)通道。




您可以在連接會(huì)話中對(duì)單個(gè)序列進(jìn)行BLAST搜索?？梢栽O(shè)置通道以搜索具有不同參數(shù)的NCBI數(shù)據(jù)庫或每個(gè)通道使用的數(shù)據(jù)庫?？梢栽O(shè)置本地BLAST通道來搜索計(jì)算機(jī)上的數(shù)據(jù)庫。您還可以設(shè)置Primer-BLAST通道來設(shè)計(jì)感興趣區(qū)域的引物，并將這些引物序列發(fā)送到您的 Sequencher產(chǎn)品。引物序列將具有彩色堿基和應(yīng)用于它們的引物特征。該示意圖在單個(gè)窗口中顯示多個(gè)通道的結(jié)果，以便您比較不同運(yùn)行的結(jié)果。










您的Connections會(huì)話會(huì)自動(dòng)與您的項(xiàng)目一起保存。使用新的會(huì)話啟動(dòng)器，可以輕松創(chuàng)建新會(huì)話、向現(xiàn)有會(huì)話添加多數(shù)據(jù)，或者簡單地查看并重新運(yùn)行舊會(huì)話以查看是否有任意新的感興趣序列已添加到您之前查詢的數(shù)據(jù)庫中。使用示意圖同時(shí)提供BLAST、Local-BLAST和 Primer-BLAST分析的圖形概述。同時(shí)打開多個(gè)會(huì)話的能力意味著您可以輕松查看所有結(jié)果。當(dāng)NCBI網(wǎng)站上的結(jié)果過期時(shí)，您可以確信它們?nèi)匀话卜€(wěn)地存在于Connections中。










您可以在連接會(huì)話中為一組序列運(yùn)行MUSCLE比對(duì)。結(jié)果可以視為比對(duì)序列或使用譜系圖可視化。不同的通道可以設(shè)置使用不同的參數(shù)?？梢詫⑿蛄刑砑拥浆F(xiàn)有會(huì)話中，以便不同的行查看不同的序列組。然后可以比較不同通道和行上的運(yùn)行。










BLAST和Local-BLAST

BLAST可能是您一直使用的工具，但有很多參數(shù)和選項(xiàng)，您可能不會(huì)記住每個(gè)參數(shù)和選項(xiàng)的影響。Sequencher Connections可幫助您在短的時(shí)間內(nèi)完成多工作并比較您的結(jié)果。




您想比較不同設(shè)置的結(jié)果嗎？您想將搜索分成針對(duì)不同數(shù)據(jù)庫的單獨(dú)查詢嗎？也許近來發(fā)布了某些內(nèi)容并且現(xiàn)在已在數(shù)據(jù)庫中，或者您可能對(duì)自己的數(shù)據(jù)了解了一些新內(nèi)容。Connections允許您同時(shí)運(yùn)行許多不同的數(shù)據(jù)庫搜索，并在完成后盡快返回結(jié)果。然后您可以保留所有結(jié)果并可以使用原理圖對(duì)它們進(jìn)行比較。示意圖是一個(gè)并行圖形顯示，以BLAST無法做到的方式顯示單個(gè)序列的所有分析結(jié)果。




如果您可以通過一個(gè)序列完成所有這些行為，那么請(qǐng)考慮一下在同一會(huì)話中可以使用多個(gè)序列做什么。




Primer-BLAST

使用Primer-BLAST分析序列并檢查特異性。




并行化您的分析 - 使用多組不同的設(shè)置并同時(shí)運(yùn)行相同的序列甚至不同的序列，而*編寫腳本。




現(xiàn)在，一鍵將您的數(shù)據(jù)保存到您的項(xiàng)目中。




您的新引物會(huì)自動(dòng)標(biāo)有GenBank風(fēng)格的功能鍵，使它們?cè)诒葘?duì)中容易看到。引物按方向進(jìn)行顏色編碼，以便您在使用時(shí)輕松識(shí)別，并且由于其定名約定，您永遠(yuǎn)不會(huì)混淆它們。










MUSCLE and Trees




當(dāng)您想要尋找DNA序列中的保守區(qū)域時(shí)，請(qǐng)尋找“MUSCLE”。與許多其他多序列對(duì)準(zhǔn)器相比，它速度快且精度高。它易于使用，通過 Sequencher Connections，您不僅可以看到對(duì)齊的區(qū)域，還可以以矩形或圓形樹格式查看結(jié)果。




您可以在同一組序列上設(shè)置多個(gè)MUSCLE運(yùn)行，并將每個(gè)分析（或通道）設(shè)置為使用不同的參數(shù)。您是否想將不同的數(shù)據(jù)集保存在一起，但對(duì)它們運(yùn)行相同的MUSCLE參數(shù)？將它們添加到同一個(gè)Connections會(huì)話中，因?yàn)闀?huì)話中的每一行都可以包含不同的序列組。MUSCLE在不同的通道和行上運(yùn)行，然后可以進(jìn)行比較，為您提供對(duì)數(shù)據(jù)的*特視角。


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  詞條說明

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