版本升級 | DNASTAR Lasergene 18序列分析軟件

    dnastar2024。12.2知乎

    DNAStar Lasergene 18已正式發(fā)布,該版本帶來了重要的新功能和功能改進(jìn),包括對GenVision Pro的重大較新,GenVision Pro是我們用于跨多個(gè)樣本可視化和分析基因組數(shù)據(jù)的應(yīng)用程序。


    Lasergene 18的新功能包括:

    ? 定相變異分析

    ? 樣本間的變體比較

    ? 基因集富集分析(GSEA)

    ? 自定義本地?cái)?shù)據(jù)庫中的搜索序列

    ? 金門克隆

    ? 用IQ樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹

     

    定相變異分析

    Lasergene Genomics現(xiàn)在包括一個(gè)二倍體相位算法,可以用于分析與完整的人類基因組一樣大的長讀數(shù)據(jù)集。

    ? 只需選擇新的變異檢測選項(xiàng)即可開始SeqMan NGen中的分階段單倍型工作流程。

    ? 在GenVision Pro的新基因組視圖中查看整個(gè)基因組組裝后的定相/非定相區(qū)域。

    ? 使用GenVision Pro中的多個(gè)新軌道和選項(xiàng),可視化和分析分相對齊讀取,分相塊,分相一致性和分相變體。

    ? 導(dǎo)出分相共識塊以獲得感興趣基因的母本和父本單倍體序列。

    1

    多個(gè)實(shí)驗(yàn)中的變體比較

    GenVision Pro現(xiàn)在能夠全面比較多個(gè)實(shí)驗(yàn)的變體。

    ? 將SeqMan NGen程序集、BAM和/或VCF文件導(dǎo)入GenVision Pro。

    ? 基于維恩圖、單個(gè)或多個(gè)基線對照、配對樣本(例如,正常與**)、包含變體的樣本或配對的較小百分比以及許多其他選項(xiàng)過濾變體。保存過濾器或?qū)⑵湓O(shè)置為未來項(xiàng)目的默認(rèn)過濾器。

    ? 查看在SeqMan NGen中組裝的人類樣本的變體注釋數(shù)據(jù)庫信息。

    ? 創(chuàng)建變量集,并將其與維恩圖、并集、交集或包含每個(gè)變體的集合的較小百分比進(jìn)行比較。

    ? 將變體和變體集導(dǎo)出為CSV或以制表符分隔的文本文件。

    2

    基因集富集分析(GSEA)

    GSEA是針對RNA-Seq差異表達(dá)工作流程的一個(gè)專門版本,重點(diǎn)關(guān)注具有某些共性(例如調(diào)控、染色體位置或生物功能)的基因組。

    ? 當(dāng)滿足DESEQ2或EdgeR分析的標(biāo)準(zhǔn)時(shí),可在SeqMan NGen中訪問GSEA計(jì)算方法。

    ? 了解一組預(yù)定義的基因是否顯示兩種生物狀態(tài)(例如表型)之間存在統(tǒng)計(jì)顯著差異。

    ? 可選擇31種人類,19種小鼠,C. elegans和酵母分析選項(xiàng)中的任何一種。

    ? 查看專門氣泡圖中的輸出,其中列出了所選分析集中也存在差異表達(dá)的基因,以及顯示上調(diào)和下調(diào)基因集的聚類圖。

     3

    自定義本地?cái)?shù)據(jù)庫中的搜索序列

    GenVision Pro、Protean 3D、SeqMan Ultra和MegAlign Pro現(xiàn)在都提供了為本地BLAST搜索創(chuàng)建安全的本地序列數(shù)據(jù)庫的能力。

    ? 上傳本地文件或從NCBI導(dǎo)入序列,有**過30個(gè)數(shù)據(jù)庫可供用戶選擇。

    ? 支持使用本地?cái)?shù)據(jù)庫管理器合并、展開、重命名和/或刪除本地?cái)?shù)據(jù)庫。

    ? 本地搜索比在線搜索快5-25倍。

    4

     金門克隆

    SeqBuilder Pro現(xiàn)在支持金門虛擬克隆,精確和無痕克隆。

    ? 使用一個(gè)簡單的向?qū)гO(shè)置克隆,該向?qū)Э梢詸z測可能的故障并提供有用的反饋。

    ? 查看克隆的所有組件的特性。

    ? 輕松去除不需要的限制位點(diǎn)(domestication)。

    5

    用IQ樹構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹

    MegAlign Pro現(xiàn)在包括IQ樹算法,用于構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。這種廣泛使用的較大似然方法具有快速、準(zhǔn)確和支持自助法的特點(diǎn)。

    ? 從4種可用的系統(tǒng)發(fā)育計(jì)算方法中選擇IQ-Tree。

    ? 生成和比較由不同方法創(chuàng)建的多個(gè)樹。

    ? 自定義和導(dǎo)出您的系統(tǒng)發(fā)育樹以供發(fā)布或協(xié)作。

     6

    如果您的DANStar許可在有效期內(nèi),即可較新到較新版本。如果想體驗(yàn)DNAStar較新版本的功能,歡迎聯(lián)系科學(xué)軟件網(wǎng)申請?jiān)囉谩?/p>
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  • 詞條

    詞條說明

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