GS在病原微生物檢測的中的應(yīng)用

    NGS在病原微生物檢測的中的應(yīng)用

    1、感染性疾病病原體的鑒定

    傳統(tǒng)的檢測方法主要有涂片鏡檢,生化反應(yīng)和*學(xué)檢測等等,但存在周期長、過程復(fù)雜以及靈敏度低等特點。PCR技術(shù)的出現(xiàn)部分解決了上述的問題,但是難以解決未知微生物檢測的難題。而NGS檢測*對病原體進(jìn)行分離培養(yǎng),也不依賴于已知的核酸序列設(shè)計引物等,可直接對標(biāo)本進(jìn)行測序鑒別,大大縮減建庫時間,提高診斷效率,尤其在未知病原微生物檢測方面有**的優(yōu)勢。

    目前NGS在病原微生物鑒定方面主要有兩種形式:rRNA多樣性測序和全基因組測序,前者偏向細(xì)菌、真菌的鑒定以及菌群分析,后者獲取的信息較為全面,一般偏重病毒鑒定。

    2、病原體耐藥及毒力特征檢測

    在當(dāng)前的抗生素不規(guī)范使用以及宿主*等重重壓力下,病原體勢必在毒性以及耐藥方面有進(jìn)化。這種高毒性的以及高耐藥性的菌株往往是導(dǎo)致感染性疾病發(fā)病率、死亡率居高不下的重要原因。

    臨床上耐藥性及毒性檢測方法主要是體外藥物敏感性試驗、耐藥菌表型檢測等方法。這些方法操作繁瑣,且較費時、費力。NGS技術(shù)通量高、快速,在一次測序反應(yīng)中即可獲得細(xì)菌整個基因組的耐藥、毒力等相關(guān)基因信息,有助于揭示病原體毒力及耐藥機(jī)制,對臨床**及指導(dǎo)用藥均具有重要意義。

    3、病原體分型及流行溯源

    目前病原體分型方法主要有多位點序列分型、脈沖場凝膠電泳、多位點串聯(lián)重復(fù)序列分析技術(shù)等。這些技術(shù)可檢測病原體的型別,但分辨率較低,對于相似或變異度較高的病原體如病毒等則難以區(qū)別。而 NGS則彌補(bǔ)了此項缺陷,通過檢測病原體全基因組序列,獲得全部遺傳信息,被認(rèn)為是分辨率較高的病原體分型方法。

    近年來抗生素的不規(guī)范使用甚至濫用,使細(xì)菌耐藥情況日益**,耐藥菌株在醫(yī)院內(nèi)的暴發(fā)時有發(fā)生。NGS技術(shù)在對耐藥菌等病原體進(jìn)行分型的基礎(chǔ)上,可以判斷同源性遠(yuǎn)近,分辨不同的進(jìn)化路線,成為追蹤病原體不可或缺的重要手段。


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    詞條說明

  • NGS在應(yīng)用中面臨的主要挑戰(zhàn)

    NGS在應(yīng)用中面臨的主要挑戰(zhàn)雖然NGS在病原微生物的檢測中有著明顯的優(yōu)勢,但是也依然面臨不少挑戰(zhàn):1、參考數(shù)據(jù)庫的完整性。微生物檢測鑒定的準(zhǔn)確性很大程度上取決于參考數(shù)據(jù)庫的范圍與完整性;2、臨床標(biāo)本的復(fù)雜性。臨床標(biāo)本來源復(fù)雜多樣,可能存在病原體信息太少而導(dǎo)致數(shù)據(jù)丟失或病原體數(shù)據(jù)混雜在正常菌群中難以區(qū)分;3、NGS測序技術(shù)的局限性。目前的分析質(zhì)量依賴于測序質(zhì)量、基因組組裝的質(zhì)量以及參考基因組序列的選

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