有時(shí)，少即是多

時(shí)間：2014-08-21

作者：Michelle Tetreault Carlson 來源：美國(guó)MoBio實(shí)驗(yàn)室

數(shù)年前，一位來自加州大學(xué)伯克利分校的客戶聯(lián)系MOBIO技術(shù)部。她要提取西方知較鳥糞便微生物DNA。用PowerSoil Kit提取，嘗試過好多次都未能成功。我們都知道糞便里頭塞滿了微生物DNA，DNA就在里頭。我們過一遍疑難點(diǎn)列表：樣品采集方法得當(dāng)，保存得當(dāng)，也正常按照說明書操作。運(yùn)氣那么差？真見鬼了！那到底怎么回事呢？我們從各種各樣的糞便樣品提取DNA一點(diǎn)兒?jiǎn)栴}都沒有！為了找到問題所在，我們建議她郵寄少量糞便樣品過來，以便做實(shí)驗(yàn)。

我們變換著方法：不同的研磨珠、不用的珠磨研磨時(shí)間、不同的裂解緩沖液、+/-加熱等，看哪個(gè)方案可行。最后，解決辦法原來如此簡(jiǎn)單！那是我們意外發(fā)現(xiàn)的。在實(shí)驗(yàn)的尾聲，樣品不夠。為了完成最后幾個(gè)實(shí)驗(yàn)，我們不得不減少加樣量。正常情況下，我們的土壤和糞便試劑盒的較佳工作加樣量大概是250mg。這次，當(dāng)我們跑膠查看提取的DNA時(shí)，驚訝地發(fā)現(xiàn)使用較少量樣品的得率居然較高！也就是說，她只要減少加樣量就能獲得很好的結(jié)果。說實(shí)在的，誰想要那么多便便？

這似乎看起來與我們的經(jīng)驗(yàn)有點(diǎn)相悖。但由此經(jīng)驗(yàn)延伸，其它某些類型糞便樣品也適用。胎糞，嬰兒哺乳動(dòng)物較早的糞便，粘度很高柏油樣。我們的一位美國(guó)客戶試用PowerSoil DNA Isolation Kit,勇敢地接受從胎糞中直接提取DNA的任務(wù)。剛開始提不到任何可檢測(cè)的DNA。因?yàn)樘ゼS的細(xì)菌含量很低，下意識(shí)地不斷增加加樣。但無論如何，什么也提不出來。然后，該客戶聯(lián)系到MOBIO的技術(shù)部。我們排除了所有常見原因無果。后來想到知較鳥糞便的例子，就建議他減少加樣量。他把加樣量減少到50mg時(shí)，突然檢測(cè)到了干凈的DNA！

接著，我們也看到了減少加樣量同樣適用于高腐植酸樣品和凍干土樣。使用太多樣品反而導(dǎo)致DNA提取無法實(shí)行。那原因何在？我們也不確定，但我們估計(jì)問題可能在于我們*一**的抑制因子去除技術(shù)（IRT）。對(duì)于特定含量PCR抑制因子的樣品，IRT化學(xué)試劑可絡(luò)合抑制因子并通過離心與DNA分離開。但當(dāng)抑制因子含量過高時(shí)，我們估計(jì)DNA會(huì)隨著抑制因子一起比沉淀。在IRT步驟簡(jiǎn)單地提高溶液使用量并不能奏效。較好的解決辦法是減少加樣量。否則，將導(dǎo)致所有，至少絕大部分DNA隨抑制因子被去除掉。

另外，下次使用MOBIO帶有IRT技術(shù)的試劑盒時(shí)，若樣品含大量PCR抑制因子（或者你覺得），嘗試減少加樣量。簡(jiǎn)單的方法可能可以把你的研究帶回正軌。如你之前聽說的，有時(shí)候少即是多，DNA就是這樣。

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生物薄膜分子生物學(xué)特性介紹
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輕敲木頭--提取真菌DNA
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