解答植物DNA和RNA 提取過程的根本問題

時間：2020-01-05

來源：深圳市安必勝科技有限公司 轉載請注明出處

如果你已經能提取到高質量的大象DNA，那么你也能提小鼠、大鼠，甚至貓鼬的DNA。但是，如果你提取到了擬南芥的DNA，那并不代表你能提取所有類型植物樣品的DNA?，F(xiàn)代植物已經進化出各種化學武器來應對較端環(huán)境、病原侵害，以及掠食者的捕食。植物們逃進了巨大的**化合物的避風港，有些化合物能幫助植物體抵抗真菌、細菌，有些帶來糟糕的口感抵制捕食者。另一些高分子物質構成復雜系統(tǒng)來儲存水和養(yǎng)分幫助渡過惡劣氣候。

這些物質對植物好處多多，而對于DNA提取卻是件麻煩事。。。如類會不可逆地吸附DNA，抑制后續(xù)酶應用。多聚糖在提取過程中與DNA交聯(lián)，混合物呈爛泥狀。植物的不同科、屬，甚至種間都可能含有截然不同種類、含量的復雜**化合物，使得對于某種植物非常奏效的提取方法可能無法普及到另一種植物。這對于植物分子生物學家來說簡直是場噩夢。

怪不得有那么多植物學家來電咨詢時都懷疑是否真有現(xiàn)成的試劑盒給他們用。雖然我們的PowerPlant? Pro DNA和 PowerPlant? RNA提取試劑盒并不是所有類型植物的較終解決方案，但確實是給植物學家們指向正確方向的福音。我們的PowerPlant?試劑盒能幫助你從各種樣品中獲得高質量的DNA和RNA，再也不用煩惱于傳統(tǒng)費時費力的、CTAB、和的核酸提取方法了。

提取DNA

提取DNA的第一步就是細胞破壁，植物DNA的提取也不例外。不像動物組織，植物細胞壁非常堅硬且能抵御滲透壓。為獲得DNA，我們需要使用點暴力。傳統(tǒng)方法使用、研缽和研杵碾碎冷凍的組織。此方法能湊效，缺點是費時，容易交叉污染。在MO BIO我們使用一種物理裂解方法叫珠磨研磨。把少量樣品放入含有裂解緩沖液和研磨珠的厚壁研磨管，放到渦旋儀的適配器或者強力高速珠磨研磨設備上進行渦旋振蕩。該方法漂亮之處在于每個樣品在自己的無菌研磨管中均質化。我們試驗發(fā)現(xiàn)加入少量的不銹鋼研磨珠和直徑2-3mm的陶瓷研磨珠破碎植物組織的效果較好。

多聚糖多

一旦植物細胞裂解開，DNA就混雜于**提到的各種植物分子，需要立馬處理。黃酮類、花青素、木脂素類和單寧酸等多能大大減低人類患癌的風險。但對DNA提取卻不友好。近年來對于植物多的正面認識使得越來越多的科學家注意力集中在多含量很高的植物身上。在過去的6個月里，我們收到了大量關于提取大豆、巧克力、咖啡、草莓、橘皮、葵花子和玉米等植物樣品的咨詢電話，而正是這些植物的多含量都很高。

當破碎植物材料獲取DNA時，多類物質就暴露于氧氣中開始與多氧化酶發(fā)生反應。[正是這種酶使切開的蘋果或土豆變棕色的。]多的氧化產品會與核酸產生共價交聯(lián)，幾乎不能去除掉。只有在一開始就抑制反應。常用的方法有去垢劑（CTAB 和SDS），抗氧化劑（βME、抗壞血酸和DTT）或者某些高分子化合物（聚烷酮（PVP）和交聯(lián)聚烷酮（PVPP）。去垢劑可以增加脂質和酶的可溶性，使其輕易被去除?？寡趸瘎┳冃曰蛞种?/span>PPO酶的活性，減慢多的氧化過程。PVPP和PVP能交聯(lián)多物質，防止他們與DNA反應。

在我們的PowerPlant Pro DNA 和 RNA提取試劑盒都是用了特殊的溶液Phenolic Separation Solution (PSS)，可以在均質樣品前就加入到研磨管中。它能非常高效地抑制多活性。但我們也發(fā)現(xiàn)對某些樣品能顯著提高核酸得率，而對另一些樣品卻似乎毫無效果?？赡芨参锓N類有關系。所以建議先做個對比測試，以決定你的樣品是否需要添加PSS。

多聚糖，植物的食物儲存形式，是提取植物DNA的另一頑疾。植物多聚糖種類繁多存量可以非常巨大?？赡芩械?/span>DNA都被它們吸附住，你能在DNA懸浮液中看到明顯的粘稠狀。人們做下游酶反應實驗的時候發(fā)現(xiàn)多聚糖還能分成酸性和中性。酸性多聚糖會抑制PCR和酶切，而中性多聚糖則不會。常見的酸性多聚糖有果膠、木聚糖、和角叉菜膠，中性多聚糖有右旋糖酐、刺槐豆膠、淀粉和菊粉。

DNA制備過程的高鹽條件可以輕易去除酸性多聚糖。DNA較易與陽離子去垢劑如CTAB結合，而CTAB：多聚糖復合物則**沉淀并去除掉。此方法的小缺點是費時、費錢。我們的PowerPlant Pro DNA 和 RNA提取試劑盒摒棄傳統(tǒng)的CTAB，采用我們**的抑制因子去除技術（Inhibitor Removal Technology?）。聯(lián)合裂解緩沖液中的化學試劑盒隨后的珠磨研磨能有效地去除多聚糖。有些多聚糖含量很高的樣品建議減少加樣量，以免**過化學試劑的處理能力。多聚糖較易與酒精發(fā)生反應生成膠狀液滴妨礙后續(xù)核酸的離心柱吸附等。

選取合適部位取樣

最后需要提醒一點的是，不是所有植物的多聚糖多含量都是一致的，同一種植物在其不同生長周期也會發(fā)生變化。有些植物的葉片含大量多，根部卻很少。另一些植物莖部儲存大量糖分，葉片卻很少。所以如果某個部位提取的DNA得率不太理想，嘗試取另一個部位試試。在植物世界里，通常幼嫩植物含有的"防御性物質"較少，適合提取取樣。當然，凡是沒有**。如果你要提取特定部位的RNA或者寄生真菌DNA，就沒那么舒坦了。你得依靠強大的化學溶液來獲得較好的核酸提取效果。

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詞條
詞條說明
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獲取糞便、植物組織、水樣、生物薄膜miRNA
來源：深圳市安必勝科技有限公司轉載請注明出處我們知道許多客戶喜歡篩選某些特定的RNA。因為，大多數(shù)關于RNA方便的技術咨詢涉及到希望保留或者去除特定種類的RNA。雖然并不是每次都能獲得你想要的RNA，但只要在提取過程中稍作調整，可能就能獲得你說需要的，在之前的一篇文章中，我們已經討論了如何在使用我們的組織提取試劑盒時保留小片段RNA。許多客戶已經開始把研究方向轉向提取復雜樣品（又叫dirti
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磁珠法血液DNA/RNA的高通量提取
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